A partir de 1578, os reis de França procuraram serem eles mesmo a nomear os cônsules franceses em Portugal, o que não conseguiram. O primeiro cônsul francês de nacionalidade portuguesa a ser nomeado em Lisboa, foi Pedro Martins, por Filipe I de Portugal por carta do 27 de maio de 1582. Pierre d’Or encontrava-se em Lisboa desde abril de 1579, talvez esperando a confirmação do rei de Portugal, que não obteve, possivelmente pelos acontecimentos que então se passava no país relacionados com a crise da sucessão ao trono de Portugal, ou então ainda, para entrar em contacto com D. António Prior do Crato, o então pretendente ao trono de Portugal. De facto, Filipe d’Or, residente em Lisboa desde 1579, ligou-se a D. António Prior do Crato, a quem ajudou na sua fuga para França e a quem serviu no exílio. Só em 1602, há indicação do primeiro cônsul de nacionalidade francesa, Louis de Mensis, já residente em Lisboa, nomeado por Henri IV de França e confirmado por Filipe II, por carta de setembro de 1604. Porém, continuava a persistir uma certa indefinição na nomeação dos cônsules franceses em Portugal. Pela sua confirmação, Louis de Mensis, obrigava-se a pagar anualmente à viúva de Pedro Martins uma pensão de 40 000 réis, que certamente não teria pago com regularidade. Com Louis de Mensis, inicia-se uma nova fase dos cônsules franceses em Lisboa, enquanto os seus antecessores eram de nacionalidade portuguesa nomeados pelo rei de Portugal. A sucessão de Louis de Mensis é discutida entre as duas coroas, pois ele é acusado por mercadores de portos e cidades franceses de dificultar o comércio com Portugal, e Louis de Mensis é mandado substituir por Jean de Saint-Pé, por carta de 2 de janeiro de 1675. Esta nomeação veio levantar novamente o problema da competência do rei de França para nomear ou demitir os cônsules em Lisboa e provocou atritos diplomáticos, et Jean de Saint-Pé (João de Sampé), teve que esperar até 8 de julho de 1617, data em que lhe foi passada a carta que destituía Louis de Mensis. Jean de Saint-Pé exerceu as suas funções até 1637-1638. Em agosto de 1636, dirigiu, na qualidade de cônsul da nação francesa, uma petição a Filipe III para obter licença de mandar vir trigo de França. Mesmo depois de se retirar para França, Jean de Saint-Pé continuou a desempenhar papel ativo nas relações entre o cardeal Richelieu de França e Portugal. Depois da revolução de 1640 em Portugal o Cardeal Richelieu permitiu a vinda a Portugal Jean de Saint-Pé (antigo cônsul) encarregando-se de assegurar o novo rei português D. João IV, a amizade da França e de tratar dos socorros que seriam fornecidos a Portugal, cuja luta contra a Espanha tanto serviria os interesses da política francesa. Jean de Saint-Pé foi novamente nomeado cônsul em Lisboa e confirmado por D. João IV, por carta de 23 de novembro de 1641. Só no tratado de 1667 entre Portugal e a França estabeleceu definitivamente a nomeação dos cônsules e vice-cônsules pelos respetivos soberanos. Jean de Saint-Pé manteve-se no cargo até outubro de 1669. Jean de Saint-Pé faleceu em 1670.
